元十六年，置八番宣慰司，十九年置順元等處宣慰司，二十年立亦溪不薛宣慰司�！洞蠖ǜ尽分^：“亦溪不薛，水西也�！睔v史上的水西，系指烏江上游鴨池河以西地。貞元元年以后，亦溪不薛宣慰司還隸于云南行省。元代，清鎮(zhèn)地區(qū)處于順元宣慰司和亦溪不薛宣慰司轄境的結(jié)合部。
明初，為貴州宣慰司轄地。洪武二十一年（1388年），置威清站（今清鎮(zhèn)縣城新華路）。二十三年（1390年），分貴州宣慰司置威清衛(wèi)，隸于貴州都司。崇禎三年（1630年），以水外六目地即阿戈、龍爾、龍夜、底區(qū)、化那、引葉遮勒六目所在的六慕則溪地置鎮(zhèn)西衛(wèi)（今衛(wèi)城鎮(zhèn)）、赫聲所（今茶店）、威武所（今甘溝）。這片地方為彝族世居地，故彝語稱為“引葉遮勒”，因是鎮(zhèn)壓彝族之后所置，故名鎮(zhèn)西。
清康熙二十六年，裁去威清衛(wèi)、鎮(zhèn)西衛(wèi)和赫聲所、威武所，以其轄境合并置縣。取威清之“清”、鎮(zhèn)西衛(wèi)之“鎮(zhèn)”，定名為清鎮(zhèn)縣，治所于威清衛(wèi)城（今清鎮(zhèn)縣城），隸安順府。
民國(guó)三年（1914年），清鎮(zhèn)縣屬貴西道。九年，直隸于省。二十四年，隸屬貴州省第一督察去（治所安順）。二十六（1937年）年，直屬于省。
1949年，隸貴陽專區(qū)，1952年劃歸貴定專區(qū)，1956年劃歸安順專區(qū)。1958年劃歸貴陽市，1963年復(fù)歸安順專區(qū)。1970年屬安順地區(qū)。1992年更名為清鎮(zhèn)市，改屬貴陽市，但建制一直未變。
1992年撤縣設(shè)市。
1999年末，清鎮(zhèn)市行政區(qū)域轄4個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)（其中3個(gè)民族鄉(xiāng)）、299個(gè)村委會(huì)、43個(gè)居委會(huì)。市政府駐紅楓湖鎮(zhèn)。
2001年末，清鎮(zhèn)市轄6個(gè)鄉(xiāng)（其中3個(gè)民族鄉(xiāng)），4個(gè)鎮(zhèn)、299個(gè)村委會(huì)、43個(gè)居委會(huì)。
2002年9月5日，貴州省政府批準(zhǔn)同意調(diào)整紅楓湖鎮(zhèn)行政區(qū)劃，設(shè)立青龍街道。將紅楓湖鎮(zhèn)所轄的中心、青龍、東北等20個(gè)村及新華路、建國(guó)路、新民路等19個(gè)居委會(huì)轄區(qū)劃由青龍街道管轄，紅楓湖鎮(zhèn)所轄行政區(qū)域相應(yīng)進(jìn)行調(diào)整。
2002年末，清鎮(zhèn)市轄4個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)（其中3個(gè)民族鄉(xiāng)），299個(gè)村委會(huì)、43個(gè)居委會(huì)。
2003年末，清鎮(zhèn)市轄1個(gè)街道、4個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)（其中3個(gè)民族鄉(xiāng)），299個(gè)村委會(huì)、32個(gè)社區(qū)。
2004年，清鎮(zhèn)市政府駐地改為青龍街道辦事處。2006年3月27日，《省人民政府關(guān)于同意清鎮(zhèn)市調(diào)整站街鎮(zhèn)紅楓湖鎮(zhèn)部分行政區(qū)劃的批復(fù)》同意清鎮(zhèn)市調(diào)整站街鎮(zhèn)和紅楓鎮(zhèn)部分行政區(qū)劃，將原屬站街鎮(zhèn)的駱家橋村劃歸紅楓湖鎮(zhèn)管轄。
2007年11月12日，經(jīng)貴陽省政府批準(zhǔn)，新店鎮(zhèn)政府駐地自新店村遷移到徐家溝村。2007年末，清鎮(zhèn)市轄1個(gè)街道、4個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)（其中3個(gè)民族鄉(xiāng)），30個(gè)居委會(huì)（社區(qū)）、299個(gè)行政村。2010年末，清鎮(zhèn)市常住人口46.80萬人。2011年9月，正式將清鎮(zhèn)市的百花湖鄉(xiāng)移交金陽新區(qū)管理。
2011年末，清鎮(zhèn)市轄1個(gè)街道、4個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)（3個(gè)民族鄉(xiāng)）：青龍街道、紅楓湖鎮(zhèn)、站街鎮(zhèn)、衛(wèi)城鎮(zhèn)、新店鎮(zhèn)、百花湖鄉(xiāng)、麥格苗族布依族鄉(xiāng)、暗流鄉(xiāng)、王莊布依族苗族鄉(xiāng)、流長(zhǎng)苗族鄉(xiāng)、犁倭鄉(xiāng)。共有38個(gè)居委會(huì)、299個(gè)行政村，1820個(gè)村民小組。市政府駐青龍街道紅旗路3號(hào)。
2011年6月，將青龍街道集中連片的10個(gè)城區(qū)居委會(huì)劃出設(shè)立紅新、新嶺2個(gè)社區(qū)服務(wù)中心。2012年4月28日，百花、巢鳳、紅塔3個(gè)社區(qū)服務(wù)中心正式掛牌成立。2012年11月15日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)同意將清鎮(zhèn)市的百花湖鄉(xiāng)劃歸貴陽市觀山湖區(qū)管轄。
2013年12月16日，貴州省人民政府同意撤銷清鎮(zhèn)市犁倭鄉(xiāng)，設(shè)置犁倭鎮(zhèn)，鎮(zhèn)人民政府駐犁倭村，所轄行政區(qū)域不變；同意撤銷清鎮(zhèn)市暗流鄉(xiāng)，設(shè)置暗流鎮(zhèn)，將衛(wèi)城鎮(zhèn)關(guān)口村劃入暗流鎮(zhèn)管轄，鎮(zhèn)人民政府駐關(guān)口村。
截至2014年，清鎮(zhèn)市轄6個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)民族鄉(xiāng)：紅楓湖鎮(zhèn)、站街鎮(zhèn)、衛(wèi)城鎮(zhèn)、新店鎮(zhèn)、暗流鎮(zhèn)、犁倭鎮(zhèn)、麥格苗族布依族鄉(xiāng)、王莊布依族苗族鄉(xiāng)、流長(zhǎng)苗族鄉(xiāng)，以及新嶺社區(qū)、紅塔社區(qū)、巢鳳社區(qū)、百花社區(qū)、紅新社區(qū)5個(gè)社區(qū)服務(wù)中心。
